Ecologische genetica

Het onzichtbare zichtbaar maken – genetische tools voor natuurbeheer

DNA-onderzoek wordt in sneltreinvaart goedkoper en toegankelijker en is daarmee tegenwoordig uitermate goed toepasbaar in praktisch ecologisch onderzoek. Soms is het een alternatief, door sneller antwoord te geven op een vraag, of door verstoring van plant en dier tijdens het onderzoek te verminderen. Daarnaast bieden moleculaire methoden ongekende nieuwe mogelijkheden.

Verschillen in de code van het DNA maken het niet alleen mogelijk om verschillende soorten van elkaar te onderscheiden, maar kunnen ook gebruikt worden om individuele soortgenoten uit elkaar te houden. Beide niveaus van variatie zijn enorm nuttig voor allerlei vragen gericht op natuurbeleid en –behoud.  Het stelt ons in staat om de diversiteit in lastig toegankelijke systemen te bepalen, maar ook om de levensvatbaarheid van populaties te bepalen, om na te gaan in hoeverre soorten nog in staat zijn om zich door het landschap te verplaatsen of om de herkomst van specifieke individuen te achterhalen.   

Een belangrijk deel van ons werk richt zich op soorten die zich niet makkelijk in het veld laten zien. Door gebruik te maken van restjes DNA die zich bevinden in uitwerpselen, haren, veren of eischalen, kunnen we belangrijke gegevens verzamelen over de aantallen en verspreiding van schuwe (nacht)dieren in een gebied en zelfs hun sociale gedrag en voorplantingspatronen in kaart brengen. De afgelopen jaren hebben wij een flinke expertise opgebouwd op het terrein van dergelijke non-invasieve genetische monitoring van populaties, wat vaak specifieke protocollen vereist die om kunnen gaan met DNA van lage kwaliteit en kwantiteit. Vergelijkbare technieken kunnen ook worden toegepast om de aanwezigheid van soorten in een systeem aan te tonen, op basis van bodem- of watermonsters.

Publicaties

Algemeen

• Genetische tools voor natuurbeheer: van het lab naar de praktijk
  Groot, G.A. de; Laros, I. (2013) Vakblad Natuur Bos Landschap 10 (4). - p. 4 - 7.

Monitoring van populaties:

• Genetische monitoring van de Nederlandse otterpopulatie 2013/2014 : ontwikkeling van populatieomvang en populatiegenetische status
  Kuiters, A.T. ; Groot, G.A. de; Lammertsma, D.R. ; Jansman, H.A.H. ; Bovenschen, J. (2015) Wageningen : Alterra Wageningen UR, (Alterra-rapport 2624) - p. 39
• The reintroduction of the Eurasian otter (Lutra lutra) into the Netherlands: hidden life revealed by noninvasive genetic monitoring
  Koelewijn, H.P. ; Pérez-Haro, M. ; Jansman, H.A.H. ; Boerwinkel, M.C. ; Bovenschen, J. ; Lammertsma, D.R. ; Niewold, F.J.J. ; Kuiters, A.T. (2010) Conservation Genetics 11 (2). - p. 601 - 614.
• Inteelt onder Sallandse korhoenders : de genetische gevolgen van een kleine populatieomvang
  Groot, G.A. de; Jansman, H.A.H. ; Bovenschen, J. ; Laros, I. ; Meyer-Lucht, Y. ; Hoglund, J. (2014) Wageningen : Alterra Wageningen UR, (Alterra-rapport 2599) - p. 47
• Genetic variability of central–western European pine marten (Martes martes) populations
  Pertoldi, C. ; Elschot, K. ; Ruiz-Gonzalez, A. ; Zande, L. van de; Zalewski, A. ; Muñoz, J. ; Madsen, A.B. ; Loeschcke, V. ; Groot, G.A. de; Bijlsma, R.J. (2014) Acta Theriologica 59 (4).Springer, 2014-08-11 - p. 503 - 510.
  

Verspreiding en herkomst:

• Herkomst en migratie van Nederlandse edelherten en wilde zwijnen: Een basiskaart van de genetische patronen in Nederland en omgeving. Groot, G.A. de; Spek, G.J.; Bovenschen, J.; Laros, I.; Meel, T. van; Jong, J.F. de; Jansman, H.A.H. (2016) Wageningen: Alterra Wageningen UR, (Alterra-rapport 2724)
• Genetica van wilde zwijnen in Limburg en Noord-Brabant : verspreiding, herkomst en verwantschap Jansman, H.A.H. ; Hofmeester, T.R. ; Groot, G.A. de; Laros, I. ; Bovenschen, J. ; Speelman, M. ; Hout, J.J. van der; Casaer, J. ; Breyne, P. ; Koelewijn, H.P. (2013) Wageningen : Alterra Wageningen UR, (Alterra-rapport 2404) - p. 62
• Decades of population genetic research reveal the need for harmonization of molecular markers Groot, G.A. de; Nowak, Carsten ; Skrbinšek, Tomaž ; Andersen, Liselotte W. ; Aspi, Jouni ; Fumagalli, Luca ; Godinho, Raquel ; Harms, Verena ; Jansman, H.A.H. ; Liberg, Olof ; Marucco, Francesca ; Mysłajek, Robert W. ; Nowak, Sabina ; Pilot, Małgorzata ; Randi, Ettore ; Reinhardt, Ilka ; Śmietana, Wojciech ; Szewczyk, Maciej ; Taberlet, Pierre ; Vilà, Carles ; Muñoz-Fuentes, Violeta (2016) Mammal Review 46 (1). - p. 44 - 59.
• Going against the flow: a case for upstream dispersal and detection of uncommon dispersal events Jasper Wubs, E.R. ; Fraaije, Rob G.A. ; Groot, G.A. de; Erkens, R.H.J. ; Garsen, Annemarie G. ; Kleyheeg, Erik ; Raven, Bart M. ; Soons, Merel B. (2016) Freshwater Biology . - p. 580 - 595.

eDNA barcoding:

• Aquatische exoten vroeg detecteren via eDNA: case study rivierkreeften Groot, G.A. de; Laros, I. ; Ottburg, F.G.W.A. ; Roesink, J.G.J. (2014) Landschap : tijdschrift voor Landschapsecologie en Milieukunde 31 (3). p. 146 - 153.
• Molecular identification of soil eukaryotes and focused approaches targeting protists and faunal groups using high-throughput metabarcoding. De Groot G.A., Laros I., Geisen S. (2016) Springer: Methods Molecular Biology volume 1399. P. 125-140.
• Not all are free-living: high-throughput DNA metabarcoding reveals a diverse community of protists parasitizing soil metazoa. Geisen, S. ; Laros, I. ; Vizcaino, A. ; Bonkowski, M. ; Groot, G.A. de (2015)
  Molecular Ecology 24 (17). - p. 4556 - 4569.
• A tiered approach for high-resolution characterization of the soil faunal community via dna metabarcoding. Groot, G.A. de; Geisen, S. ; Laros, I. ; Faber, J.H. ; Schmeltz, R. (2014) In: Book of Abstracts of the First Global Soil Biodiversity Conference. p. 87 - 87.
• Soil biodiversity and DNA barcodes: opportunities and challenges. Orgiazzi, A. ; Bonnet Dunbar, M. ; Panagos, P. ; Groot, G.A. de; Lemanceau, P. (2014) Soil Biology and Biochemistry 80 (1). - p. 244 - 250.

Forensic research:

• Badger hair in shaving brushes comes from protected Eurasian badgers. Domingo-Roura, X. ; Marmi, J. ; Ferrando, A. ; López-Giráldez, F. ; Macdonald, D.W. ; Jansman, H.A.H. (2006) Biological Conservation 128 (3). - p. 425 - 430.
• The first wolf found in the Netherlands in 150 years was the victim of a wildlife crime. Gravendeel, B. ; Groot, G.A. de; Kik, M. ; Beentjes, K.; Bergman, H. ; Caniglia, R. ; Cremers, H. ; Fabbri, E. ; Groenenberg, D.; Grone, A. ; Groot Bruinderink, G.W.T.A. ; Font, I. ; Hakhof, J. ; Harms, V. ; Jansman, H.A.H. ; Janssen, R. ; Lammertsma, D.R. ; Laros, I. ; Linnartz, L. ; Marel, D. van der; Mulder, J.L. ; Mije, S. van der; Nieman, A.M. ; Nowak, C. ; Randi, E. ; Rijks, M. ; Speksnijder, A.; Vonhof, H.B.
  (2013) Lutra 56 (2). - p. 93 - 109.